Nel 1946 venne fondata la Società Educazione Fisica Gallura Tempio che s’iscrisse in Prima Divisione Sarda, dove rimase fino al 1952, quando venne ammessa nel nuovo campionato di Promozione.
Dopo aver disputato tre buoni campionati, il Tempio, nella stagione 1955-1956, arrivò 1º. Ciò permise l’accesso alla VI Serie. Dopo essersi consolidata permanentemente in campionato e aver cambiato denominazione due volte (S.E.F. Tempio nel 1958 e S.E.F. Tempio Pausania nel 1962) il club arriva 2º in campionato ma perde lo spareggio promozione contro l’Empoli; a fine stagione cambia ancora nome in U.S. Tempio. Nel 1970 la squadra retrocede in Promozione e tre anni dopo viene relegato in Prima Categoria.
Nel 1977 e 1981 ottiene due promozioni e torna in Serie D.
Nella stagione 1986-1987 Il tempio conquista la promozione in Serie C2, dopo aver vinto il proprio girone. In questa categoria ha disputato tredici campionati di Serie C2 (dal 1987 al 2000).
Nella stagione 2005-2006 ha vinto il campionato di Eccellenza Sardegna ed è stata promossa in Serie D (campionato che non disputava da tre anni), dopodiché ha ottenuto la promozione in C2 la stagione successiva, vincendo il girone B.
La squadra nella stagione 2006/2007 è stata guidata dal tecnico Ninni Corda. Nonostante l’obiettivo fosse quello di un campionato tranquillo senza patemi, nel 2007 la squadra ha vinto il campionato nazionale di Serie D, conquistando la promozione in serie C2. Nella finale contro la Sangiuseppese svoltasi allo stadio comunale di Città Sant’Angelo (PE) la squadra sarda si è imposta con un netto 4-1 e ha così conquistato anche lo scudetto di Serie D. In semifinale aveva eliminato la Scafatese: 3-2 a Scafati e 2-0 in casa.
Il 19 luglio 2007 la Co.Vi.Soc. esclude la squadra dal campionato di Serie C2. La società è così costretta a ripartire da una categoria inferiore all’Eccellenza Sardegna perché anche i ricorsi presentati all’arbitrato del CONI, al TAR del Lazio e al Consiglio di Stato sono falliti. Il 27 agosto la FIGC Sardegna iscrive la società in Prima Categoria.
A settembre 2008 viene decretato il fallimento dell’Unione Sportiva Tempio. Una nuova società con la denominazione inizialmente di A.S.D. Polisportiva Limbara e successivamente di A.S.D. S.E.F. Tempio Pausania (da novembre 2008) viene ammessa nel Girone D di Prima Categoria Sarda.
Vinto il proprio girone, i galletti ben figurano anche in Promozione, tentando l’assalto al massimo campionato regionale per tre anni di seguito ma senza riuscire ad approdarvi: prima la contesa del titolo con altre nobili decadute quali Nuorese e Alghero, poi penalizzazioni e peripezie con la giustizia sportiva sembravano destinare la piazza a non andare oltre.
Il 10 agosto, al termine della stagione 2011-12, arriva però la notizia del ripescaggio per la S.E.F. Tempio grazie alla rinuncia di Atletico Elmas e Tavolara. La compagine azzurra disputerà il campionato di Eccellenza Sardegna per la stagione 2012/2013, salvandosi ai playout.
Nella stagione 2013/2014 retrocederà nuovamente in Promozione, dove militerà fino alla stagione 2016/2017, annata conclusasi con la mancata iscrizione al campionato di Promozione 2017/2018 e la conseguente scomparsa della Società Educazione Fisica Tempio Pausania dallo scenario calcistico isolano.
In occasione della stagione 2017/2018, una compagine societaria rileva il titolo sportivo della SEF Tempio Pausania e fonda l’Unione Sportiva Tempio 1946. La squadra, tuttavia, ripartirà dal campionato di Seconda Categoria, il quarto livello regionale, alla fine del quale acquisirà il titolo sportivo della Star Sport Olbia per accedere in Prima Categoria.
All’inizio della stagione 2021/22 il Tempio viene rilevato dal Gruppo Sechi e dopo aver effettuato domanda di ripescaggio ottiene di partecipare al campionato di Promozione.